La vegetación que existe en los humedales es muy diversa.


En aguas libres: esta zona de las lagunas está ocupada por varios tipos de algas y de plantas que viven completamente inundadas bajo el agua.
El Carrizal: el carrizo es la especie que más abunda en las lagunas, sobre todo en las zonas de menos profundidad. En las zonas que no permanecen inundadas todo el año, el carrizo se une a los juncos.
El Matorral Mediterráneo: en las zonas limítrofes de las lagunas que se encuentran sin cultivar crecen varias especies de matorral mediterráneo compuesto, principalmente, por plantas aromáticas como el romero o la ontina.
Los Campos de Cultivo: todo el entorno de las lagunas, y por ende de la localidad de Atapuerca, está rodeado de campos de cereal.