Es en la primera mitad del siglo XII cuando San Juan de Ortega, discípulo de Santo Domingo de la Calzada, edifica la iglesia y funda el monasterio que dará lugar al pueblo de San Juan de Ortega.

Gracias a la Corona, el lugar se convierte en un centro de atención a los peregrinos y uno de los principales hitos del camino, haciendo que la ruta original se desvíe por el valle del río Vena pasando por las localidades de Agés, Atapuerca, Olmos, Rubena y Villafría, hasta alcanzar Burgos.

En estas localidades se tiene constancia histórica de la existencia de infraestructuras dedicadas a la atención de los peregrinos como albergues u hospitales, cosa que no sucede con Cardeñuela y Orbaneja Riopico. Por ésta razón se tiende a pensar que el camino original pasaba por esos pueblos.

Sin embargo, actualmente el trayecto más utilizado por los peregrinos es el que pasa por Cardeñuela y Orbaneja Riopico, que ahora cuentan con albergues para atender a los caminantes.